在2023年12月23日，3-11号线启用了第1阶段贯通运行图，所有列车经停3号线唯亭站，11号线交路终点站向西延伸至3号线金厍桥站，原有3号线戈巷街、唯亭两站交由11号线运营，3号线终点站调整至葑亭大道站，而在金厍桥—葑亭大道区间为两线共线套跑区间。到了2024年4月27日，第2阶段贯通运行图启用，11号线交路终点站继续向西延伸至横山站，而在近日，随着3号线新车的逐步上线，3-11号线将启用第3阶段贯通运行图，从本月29号开始，11号线列车可直达苏州新区火车站，同时3号线列车亦可抵达花桥，届时两线将实现完全贯通。

11号线主线的建设虽然已经结束，但它在兵希站还有支线的预留，该支线预计将向东北进入太仓城区，此外在昆山老城区中心的玉山广场站，11号线也进行了换乘预留，该预留结构原先计划为昆山南北向区域线“K1线”使用，但根据最新规划可能会移交给9号线东段。

11号线在昆山市区段的站点设置十分密集，除了可以体验”从上海一路地铁坐到苏州“的经历之外，它本身也是体验昆山的不二之选。